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一、項目介紹
細菌基因組完成圖:不依賴于現有的序列信息,針對某個細菌菌種基因組進行測序進而獲得序列信息,依靠生物信息學分析手段,對序列進行拼接和組裝,從而獲得該細菌菌種的基因組序列(即從頭測序,de novo測序)。基于生物信息學技術手段下獲得的細菌基因組完成圖序列開展基因功能注釋、比較基因組學以及泛基因組等研究。
基于三代測序的細菌基因組完成圖:基于單純的三代測序策略對某個細菌菌種進行高通量測序,并對獲得的三代測序序列進行基因組de novo組裝,從而獲得該細菌菌種的完整基因組序列。依靠三代測序的長序列拼接優勢使得基因組不包含模糊堿基和序列空缺(即:0 N,0 Gap),進而形成高質量完成圖,且包含所有質粒序列。同時,可基于細菌基因組完成圖,開展基因功能注釋、比較基因組學以及泛基因組等研究。
二、項目策略
項 目 |
測序策略 |
細菌基因組完成圖 |
Illumina PE150 (2 Gb) + 三代測序 (30 ×~100 ×) |
基于三代測序的細菌基因組完成圖 |
三代測序 (100 ×) |
三、項目技術流程
1)基因組完成圖技術流程
2)基于三代測序的細菌基因組完成圖
數據分析
四、主要結果展示
細菌基因組圈圖
前噬菌體區域基因線性圖譜
CARD藥物分類統計
CARD作用機制統計
KEGG注釋通路圖
多基因組ANI分析
五、送樣要求
細菌基因組完成圖 |
|
菌體沉淀物 |
DNA溶液 |
菌體液體培養至對數期:OD600為0.6~0.8,收集菌體培養液3~5mL,4℃離心于1.5或2mL離心管中,棄上清,保留沉淀于管底部菌體(菌體沉淀量為0.5~1g或菌體沉淀體積為0.5~1mL)。 可提供2~3份備份。 |
濃度 ≥ 20 ng/μL;總量 ≥ 3 μg OD260/280:1.8-2.0; OD260/230:1.6-2.2; DNA片段長度>20kb |
注意事項:
|
|
運輸方式: 菌體沉淀物:將含有菌體沉淀物的離心管封口,立即液氮速凍,-80℃保存,干冰送至實驗室。 DNA溶液:-20℃保存,干冰(長途運輸,正常快遞運輸)或冰袋(短途運輸,限當日達、半日達、閃送)。 |
|
備注: 若有疑問,可與我司技術人員聯系。 |
一、項目介紹
細菌基因組完成圖:不依賴于現有的序列信息,針對某個細菌菌種基因組進行測序進而獲得序列信息,依靠生物信息學分析手段,對序列進行拼接和組裝,從而獲得該細菌菌種的基因組序列(即從頭測序,de novo測序)。基于生物信息學技術手段下獲得的細菌基因組完成圖序列開展基因功能注釋、比較基因組學以及泛基因組等研究。
基于三代測序的細菌基因組完成圖:基于單純的三代測序策略對某個細菌菌種進行高通量測序,并對獲得的三代測序序列進行基因組de novo組裝,從而獲得該細菌菌種的完整基因組序列。依靠三代測序的長序列拼接優勢使得基因組不包含模糊堿基和序列空缺(即:0 N,0 Gap),進而形成高質量完成圖,且包含所有質粒序列。同時,可基于細菌基因組完成圖,開展基因功能注釋、比較基因組學以及泛基因組等研究。
二、項目策略
項 目 |
測序策略 |
細菌基因組完成圖 |
Illumina PE150 (2 Gb) + 三代測序 (30 ×~100 ×) |
基于三代測序的細菌基因組完成圖 |
三代測序 (100 ×) |
三、項目技術流程
1)基因組完成圖技術流程
2)基于三代測序的細菌基因組完成圖
數據分析
四、主要結果展示
細菌基因組圈圖
前噬菌體區域基因線性圖譜
CARD藥物分類統計
CARD作用機制統計
KEGG注釋通路圖
多基因組ANI分析
五、送樣要求
細菌基因組完成圖 |
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菌體沉淀物 |
DNA溶液 |
菌體液體培養至對數期:OD600為0.6~0.8,收集菌體培養液3~5mL,4℃離心于1.5或2mL離心管中,棄上清,保留沉淀于管底部菌體(菌體沉淀量為0.5~1g或菌體沉淀體積為0.5~1mL)。 可提供2~3份備份。 |
濃度 ≥ 20 ng/μL;總量 ≥ 3 μg OD260/280:1.8-2.0; OD260/230:1.6-2.2; DNA片段長度>20kb |
注意事項:
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運輸方式: 菌體沉淀物:將含有菌體沉淀物的離心管封口,立即液氮速凍,-80℃保存,干冰送至實驗室。 DNA溶液:-20℃保存,干冰(長途運輸,正常快遞運輸)或冰袋(短途運輸,限當日達、半日達、閃送)。 |
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備注: 若有疑問,可與我司技術人員聯系。 |